按照最后的剧本，狮鹫、斑马马蒂、长颈鹿迈尔、河马格洛丽亚和企鹅们为了离开马达加斯加返回多彩的纽约，对老化的失事飞机进行了维修改装，并成功起飞。当大家开始庆祝，终于回到纽约时，飞机突然降落，迫降在非洲大草原上。在这里，狮子亚历克斯终于见到了他的父母。但由于生活习惯差异太多，言行不一，这些来自纽约的动物显得格格不入。这些纽约中央公园的前动物明星们在这种恶劣的野外环境下该怎么办呢？虽然我在这里遇到了我的伙伴，但由于习惯不同，我无法完全融入他们的群体。为了融入环境，和相似的人建立良好的关系，大家表演各种技巧，面带微笑。